国家林业局大熊猫保护管理专家委员会委员、浙江大学生命科学院教授方盛国所领导的课题组，系统地开展了大熊猫的保护遗传学研究，通过对四川（包括甘肃）大熊猫与秦岭大熊猫遗传分化和形态分化两方面的对比研究发现，秦岭大熊猫与四川大熊猫遗传分化发生了较大变异，分子证据表明，秦岭大熊猫种群大约在1万年前产生分化后，在进化力作用下，已发育成大熊猫的一个新亚种，并命名为秦岭亚种。作为国家“973”项目的标志性成果之一，这项研究近日通过了科技部专家组的鉴定。同时，《美国哺乳动物学杂志》近期刊登了该研究小组的论文，这份权威的动物分类学刊物首次将中国大熊猫定名为四川指名亚种和秦岭亚种.标志着大熊猫秦岭亚种得到了国际动物学界的公认。
    秦岭大熊猫将是今后中国大熊猫研究的重点，并为研究和保护中国大熊猫增加了新的内涵和提出了新的课题。亚种是形成新物种的前奏曲，其存在也使物种的基因多样性更为丰富,与国内其它山系的大熊猫种群相比，秦岭大熊猫是一个更为古老和原始的新亚种种群，在遗传多样性上更具有研究价值。2004年完成的全国第三次大熊猫调查结果显示，秦岭野生大熊猫种群数量为273只，仅占全国大熊猫总数的17%，可见“大熊猫秦岭亚种种群更濒危，基因更珍贵！”专家呼吁，要紧急采取有效措施，防止大熊猫秦岭亚种灭绝。同时，要采取多种措施保证大熊猫秦岭亚种的纯度，尽快建立大熊猫秦岭亚种繁育基地，以防遗传基因污染和优良基因丧失。