三北工程是在我国自然条件最为严酷的地区进行的。工程建设按照由近及远，先易后难的原则，一些自然条件相对较好的地方已经造上了林，当前工程建设进入了“啃骨头”阶段。目前，三北地区还有流动和半流动沙地58万平方公里，占沙地总面积的39%；沙化程度在重度和极重度以上的沙地有109万平方公里，占73.6%。三北地区干旱少雨，年降雨量约10772亿立方米，不足全国的1/6。年降雨量不足400毫米的地区约占3/4，内蒙古呼和浩特、银川、兰州以西的地区，年降雨量不足200毫米，造林难度加大，成本增加。如新疆人工造林每亩投资在千元以上。